La Secretaría de la Coalición está gestionada por PATH, una organización internacional sin fines de lucro que mejora la salud de las personas en todo el mundo. Con sede en Bruselas, Bélgica, la Secretaría administra y coordina las operaciones cotidianas de la Coalición, organiza las asambleas generales de sus miembros, representa a la Coalición en foros nacionales e internacionales claves y proporciona, a través de la comunicación y la coordinación, una cohesión general de la Coalición y sus miembros. La financiación de la Secretaría ha sido posible gracias a las donaciones de DFID, la Fundación Bill & Melinda Gates, UNFPA, USAID y donantes particulares otorgadas a PATH.