Le Secrétariat de la Coalition est géré par PATH, une organisation internationale à but non lucratif qui améliore la santé des individus à travers le monde. Basée à Bruxelles, Belgique, le Secrétariat administre et coordonne les opérations courantes de la Coalition, organise les assemblées générales qui réunissent les membres, représente la Coalition au sein de forums nationaux et internationaux. Il rassemble, à travers ses actions de communication et de coordination, tous les membres de la Coalition. Le financement du Secrétariat a été rendu possible par des donations de DFID, de la Fondation Bill & Melinda Gates, de UNFPA, de USAID et de donateurs privés Ã  PATH.